Cariotipo molecular por microarreglos cromosómicos (array-CGH y SNP array)

Fundamento

El ADN del paciente se marca con un fluoróforo y, en el array-CGH, se mezcla con un ADN de referencia marcado con otro fluoróforo y se hibrida sobre un chip de vidrio con cientos de miles de sondas de oligonucleótidos que cubren todo el genoma a intervalos regulares, más densos en las regiones de genes conocidos. El escáner lee la intensidad de cada fluoróforo en cada sonda: donde el paciente tiene una copia de menos, la señal de la referencia predomina, y donde tiene una de más, predomina la del paciente. El software alinea las sondas en el genoma y llama los segmentos con ganancia o pérdida, con su tamaño, sus genes y su posición. El SNP array agrega sondas de polimorfismos de un nucleótido cuyos genotipos permiten además ver regiones de homocigosidad, que delatan consanguinidad y disomía uniparental, y detectar mosaicos de bajo porcentaje y triploidías. Cada variante de número de copias encontrada se clasifica según su tamaño, su contenido de genes y las bases de datos de variantes benignas y patogénicas, y se informa como patogénica, probablemente patogénica, de significado incierto o benigna, con el estudio de los padres cuando hace falta para saber si es heredada. No ve reordenamientos equilibrados ni mutaciones puntuales; para eso están el cariotipo y la secuenciación.

Matriz (en qué muestra)

Sangre periférica con EDTA; líquido amniótico y vellosidades coriales; restos de aborto; tejido; ADN extraído

Equipamiento necesario¿Dónde lo compro?

Escáner de microarreglos; horno de hibridación; estación de lavado; espectrofotómetro y fluorómetro para el ADN; termociclador; software de análisis de variantes de número de copias con acceso a bases de datos.

Reactivos¿Dónde lo compro?

Chips de microarreglos de cobertura clínica; kits de marcado y de hibridación; ADN de referencia; enzimas de fragmentación y de marcado.

Material de laboratorio¿Dónde lo compro?

Tubos con EDTA; tubos y puntas libres de nucleasas; cámaras de hibridación.

Consumibles¿Dónde lo compro?

Chips; kits de marcado; reactivos de lavado.

Unidad

1 · número de copias · kb o Mb de tamaño de la variante · coordenadas genómicas · clasificación de patogenicidad

Rango de referencia

Resolución de 50 a 200 kb en todo el genomas y de 10 a 20 kb en regiones de interés; rendimiento diagnóstico de 15 a 20 % en discapacidad intelectual y de 6 % adicional al cariotipo en diagnóstico prenatal con anomalías ecográficas

Norma que lo exige

El Programa Nacional de Enfermedades Poco Frecuentes y la Ley 26.689 de cuidado integral de las personas con enfermedades poco frecuentes, que garantiza el diagnóstico; las obras sociales y prepagas, que cubren el estudio con la indicación médica; Ley 26.529 de derechos del paciente y el asesoramiento genético previo; los laboratorios se habilitan según la Ley 17.132 y las normas provincialesnorma internacional

Norma que describe la técnica

Las guías del Colegio Americano de Genética Médica y Genómica (ACMG) sobre los microarreglos como estudio de primera línea (Miller y colaboradores, 2010) y sobre la interpretación de variantes de número de copias (Riggs y colaboradores, 2020); la nomenclatura ISCN 2020; las guías de la Sociedad Europea de Genética Humana; ISO 15189norma internacional

Edición y vigencia de la norma

ACMG/ClinGen (Riggs y colaboradores, 2020); ISCN 2020

Volumen de muestra

3 a 5 mL de sangre con EDTA, o 10 a 20 mL de líquido amniótico, o 10 a 20 mg de vellosidades o tejido; 0,5 a 1 µg de ADN de buena calidad

Conservación y transporte

La sangre con EDTA se conserva refrigerada hasta una semana; el líquido amniótico y las vellosidades se procesan lo antes posible y se cultivan en paralelo como respaldo. Las vellosidades se limpian de tejido materno bajo lupa; una contaminación materna disfraza el resultado del feto. El ADN de restos de aborto puede estar degradado y necesita verificación de calidad antes de gastar el chip. El consentimiento informado y el asesoramiento genético son parte del estudio, porque los hallazgos incidentales y las variantes de significado incierto son frecuentes.

Límite de detección típico

Variantes de número de copias de 50 a 100 kb en todo el genoma; mosaicos desde el 10 a 20 % con SNP array

Incertidumbre típica

Sensibilidad mayor al 99 % para variantes por encima de la resolución; la clasificación de las variantes de significado incierto cambia con la evidencia

Área

Biología molecular; Clínico/bioquímico

Fecha de última actualización: 9/9/2026