Genes de virulencia

Fundamento

Los genes de virulencia se buscan en los datos de secuenciación metagenómica para estimar el potencial patogénico de una comunidad microbiana, por ejemplo en un agua de riego o en un barro que va a aplicarse al suelo. El procedimiento es el mismo que para los genes de resistencia: las lecturas se comparan contra bases de datos específicas de factores de virulencia. Tiene la misma limitación, y conviene decirla en el informe: el gen puede provenir de un organismo muerto o de un fragmento libre, y su presencia no identifica por sí misma al patógeno que lo porta, para lo cual hace falta reconstruir genomas o aislar el microorganismo.

Analito (qué se busca)

Genes de virulencia

Matriz (en qué muestra)

Suelo; agua; barros de digestores y de plantas de tratamiento; materia fecal e intestino; alimentos fermentados; superficies; aire; muestras clínicas

Equipamiento necesario¿Dónde lo compro?

Homogeneizador de perlas y extractor de ADN; fluórometro; equipo de preparación de bibliotecas; secuenciador masivo; servidor de cálculo con los programas de análisis.

Proveedores de Baños, agitación y homogeneización · Biología molecular.

Reactivos¿Dónde lo compro?

Juego de extracción de ADN ambiental; reactivos de bibliotecas; bases de datos específicas de factores de virulencia; controles.

Proveedores de Reactivos y solventes.

Material de laboratorio¿Dónde lo compro?

Tubos de perlas; tubos libres de nucleasas; puntas con filtro; celdas de flujo.

Proveedores de Micropipetas y puntas.

Consumibles¿Dónde lo compro?

Juegos de extracción y de bibliotecas; celdas de flujo; controles.

Unidad

1

Norma que lo exige

No hay una norma argentina que exija metagenómica; la piden los proyectos de investigación de la Agencia I+D+i, el CONICET y el INTA, los estudios de vigilancia de resistencia a antimicrobianos del plan nacional de resistencia y de la OMS, y las empresas de biogás, de fermentación y de bioinsumos para caracterizar sus procesos; los datos humanos están protegidos por la Ley 25.326argentina e internacional

Norma que describe la técnica

Los estándares MIxS y MIMS del Consorcio de Estándares Genómicos para la descripción de metagenomasargentina e internacional

Edición y vigencia de la norma

MIxS versión 6 (2022); ISO 20397-1:2022

Volumen de muestra

0,25 a 1 g de suelo o barro; 100 a 1.000 mL de agua filtrados en membrana de 0,22 micrones; 0,2 g de materia fecal; al menos 1 a 10 ng de ADN, idealmente 100 ng o más

Conservación y transporte

La comunidad cambia apenas se toma la muestra: se congela a -80 grados en el momento o se conserva en estabilizador de ADN, y nunca se deja a temperatura ambiente horas, porque las bacterias de crecimiento rápido se multiplican y las anaerobias mueren. Se registran los metadatos con el detalle de los estándares (lugar, fecha, profundidad, temperatura, pH, tratamiento). Los blancos de extracción son obligatorios en muestras de baja biomasa, donde los reactivos aportan más ADN que la muestra. El método de extracción se mantiene fijo dentro de un estudio; cambiarlo cambia la comunidad que se ve.

Área

Biología molecular; Microbiología; Ambiental

A esta ficha todavía le faltan datos: el límite de detección, la incertidumbre típica. ¿Los sabés? Escribinos y la completamos.

Fecha de última actualización: 5/10/2026

Ficha N.º 4366 · ¿Ves algo para corregir? Escribinos