Genotipificación farmacogenética por PCR en tiempo real, microarreglos y secuenciación

Fundamento

Se extrae ADN de sangre o de hisopado bucal y se genotipifican las variantes de los genes de interés, que son polimorfismos de un nucleótido, pequeñas inserciones y deleciones y, en el caso de CYP2D6, deleciones y duplicaciones del gen completo. Para paneles de decenas de variantes se usa PCR en tiempo real con sondas alelo-específicas, que discrimina los dos alelos de cada posición por fluorescencia, o microarreglos de genotipificación; para CYP2D6 se agrega PCR de largo alcance o PCR digital para el número de copias; para variantes raras o para genes completos, secuenciación. Con las variantes de cada gen se asignan los haplotipos según la nomenclatura estrella (por ejemplo CYP2D6*4, que es un alelo no funcional) y con el par de haplotipos se calcula el fenotipo metabolizador: lento, intermedio, normal, rápido o ultrarrápido. El informe traduce el fenotipo en una recomendación de dosis o de fármaco alternativo según las guías del Consorcio de Implementación de Farmacogenética Clínica para cada par gen-fármaco. Para los alelos HLA asociados a reacciones de hipersensibilidad se usan ensayos específicos de PCR.

Matriz (en qué muestra)

Sangre periférica con EDTA; hisopado bucal; saliva; ADN

Equipamiento necesario¿Dónde lo compro?

Extractor de ADN; termociclador de PCR en tiempo real; equipo de lectura de microarreglos o de PCR digital para número de copias; secuenciador; software de asignación de haplotipos y de traducción a fenotipo.

Reactivos¿Dónde lo compro?

Paneles de genotipificación farmacogenética con registro; sondas y cebadores de cada variante; materiales de referencia con genotipos conocidos del programa GeT-RM de los CDC; kits de extracción.

Material de laboratorio¿Dónde lo compro?

Tubos con EDTA; hisopos bucales; placas; puntas libres de nucleasas.

Consumibles¿Dónde lo compro?

Paneles; sondas; placas; kits de extracción.

Unidad

1 · genotipo en nomenclatura estrella (por ejemplo CYP2C19 *1/*2) · fenotipo metabolizador · puntaje de actividad · recomendación de dosificación

Rango de referencia

Metabolizadores lentos de CYP2D6 en 5 a 10 % de la población de origen europeo y ultrarrápidos en 1 a 10 %; portadores de variantes de riesgo de DPYD en 3 a 8 %; HLA-B*57:01 en 5 a 8 % de la población europea y menos del 1 % en algunas poblaciones amerindias

Norma que lo exige

Las guías de la ANMAT y los prospectos de los medicamentos que incluyen recomendaciones o exigencias de genotipificación (abacavir, carbamazepina, fluoropirimidinas); las obras sociales que cubren el test con indicación; Ley 26.529 de derechos del paciente y Ley 25.326 de protección de datos personales para la información genética; los laboratorios se habilitan según la Ley 17.132argentina e internacional

Norma que describe la técnica

Las guías del Consorcio de Implementación de Farmacogenética Clínica (CPIC) para cada par gen-fármaco; las recomendaciones del Grupo de Trabajo de Farmacogenética Holandés (DPWG); la nomenclatura de alelos de PharmVar y la base PharmGKB; las recomendaciones de la Asociación para la Patología Molecular sobre el conjunto mínimo de alelos a genotipificar para cada gen; ISO 15189argentina e internacional

Edición y vigencia de la norma

Guías CPIC, actualizadas por gen entre 2017 y 2024; recomendaciones AMP para CYP2D6 (2021)

Volumen de muestra

2 a 5 mL de sangre con EDTA o un hisopado bucal; 50 a 200 ng de ADN

Conservación y transporte

El resultado es de por vida y por eso conviene que el laboratorio genotipifique el conjunto de alelos recomendado para cada gen, incluidos los frecuentes en poblaciones amerindias y africanas y no solo los europeos, y que el informe diga qué alelos buscó: un genotipo *1/*1 solo significa que no se encontraron los alelos ensayados. Las muestras se conservan refrigeradas o congeladas sin requisitos especiales. El informe se interpreta junto con las interacciones con otros fármacos, que pueden convertir un metabolizador normal en lento (fenoconversión). Los datos genéticos son datos sensibles protegidos por la ley.

Límite de detección típico

No aplica; se genotipifican variantes germinales presentes en el 50 o el 100 % de las copias

Incertidumbre típica

Concordancia mayor al 99 % con los materiales de referencia para las variantes del panel; la asignación de fenotipo depende del conjunto de alelos ensayado

Área

Biología molecular; Clínico/bioquímico; Farmacéutico

Fecha de última actualización: 9/9/2026