Perfil molecular de tumores para terapias dirigidas: mutaciones somáticas por PCR y secuenciación masiva en tejido

Fundamento

Un patólogo marca en el corte de tejido el área con más células tumorales y estima su porcentaje, porque el ADN del tumor está mezclado con el del tejido normal y una muestra con 10 % de células tumorales tiene la mutación en el 5 % de las copias, si es heterocigota. Se extrae el ADN de las secciones de parafina, que está fragmentado y dañado por el formol, y se cuantifica. Para un gen o unas pocas mutaciones se usa PCR en tiempo real con sondas alelo-específicas o PCR digital, que detectan una mutación en 1 % o menos de las copias; para paneles de decenas a cientos de genes se usa secuenciación masiva de amplicones o de captura por hibridación, con profundidad de lectura de cientos a miles de veces por posición para ver variantes de baja frecuencia, y análisis bioinformático que llama las variantes, las anota, filtra los artefactos del formol y las clasifica por su evidencia clínica en niveles. Los reordenamientos de ALK y ROS1 se detectan por hibridación in situ fluorescente, inmunohistoquímica o secuenciación de ARN; la amplificación de HER2, por hibridación in situ. La inestabilidad de microsatélites, que predice la respuesta a inmunoterapia, se determina por PCR de marcadores o por secuenciación. El informe integra las variantes con la histología y la evidencia terapéutica.

Analito (qué se mide)

Variantes somáticas en genes accionables: EGFR, KRAS, NRAS, BRAF, ALK, ROS1, HER2, PIK3CA, BRCA1 y BRCA2, inestabilidad de microsatélites

Matriz (en qué muestra)

Tejido tumoral fijado en formol e incluido en parafina; biopsias; citologías; bloques de tumor; ADN tumoral

Equipamiento necesario¿Dónde lo compro?

Microtomo y microscopio para la selección del área tumoral; extractor de ácidos nucleicos para parafina; fluorómetro; termociclador de PCR en tiempo real y equipo de PCR digital; secuenciador masivo de sobremesa; servidor y software de análisis de variantes; equipo de hibridación in situ y microscopio de fluorescencia.

Reactivos¿Dónde lo compro?

Kits de extracción de parafina; kits de mutaciones por PCR con registro; paneles de secuenciación de genes de cáncer; sondas de hibridación in situ; controles con mutaciones de frecuencia conocida; materiales de referencia certificados.

Material de laboratorio¿Dónde lo compro?

Portaobjetos; tubos libres de nucleasas; placas; chips o celdas de flujo del secuenciador.

Consumibles¿Dónde lo compro?

Kits; paneles; celdas de flujo; sondas; controles.

Unidad

% · % de frecuencia alélica de la variante · presencia o ausencia · nivel de evidencia clínica de la variante · copias por célula en amplificaciones

Rango de referencia

Las variantes se informan desde el 1 a 5 % de frecuencia alélica según el método; la muestra debe tener al menos 10 a 20 % de células tumorales; mutaciones de EGFR en el 10 a 15 % de los adenocarcinomas de pulmón en la población occidental

Norma que lo exige

Las guías de tratamiento oncológico del Instituto Nacional del Cáncer y las de las sociedades científicas; las obras sociales, las prepagas y el sistema de cobertura de medicamentos de alto costo, que exigen el resultado molecular para autorizar las terapias dirigidas; Ley 26.529 de derechos del paciente; los reactivos requieren registro ante la ANMAT; la Red Nacional de Laboratorios de Biología Molecular en Oncologíaargentina e internacional

Norma que describe la técnica

Las guías de la Asociación para la Patología Molecular, el Colegio Americano de Patólogos y la Asociación Internacional para el Estudio del Cáncer de Pulmón sobre pruebas moleculares en cáncer de pulmón; la guía conjunta de la AMP, ASCO y CAP para la interpretación y el informe de variantes somáticas (Li y colaboradores, 2017); las guías de la NCCN y la ESMO; ISO 15189 e ISO 20387 para los laboratorios; los programas de evaluación externa de la calidadargentina e internacional

Edición y vigencia de la norma

Guía AMP/ASCO/CAP (2017), vigente; ISO 20387:2018

Volumen de muestra

Bloque de parafina o 5 a 10 cortes de 5 a 10 micrones, con el corte teñido de referencia marcado por el patólogo; al menos 50 a 100 ng de ADN

Conservación y transporte

El tejido tiene que fijarse en formol tamponado entre 6 y 48 horas: la subfijación y la sobrefijación degradan el ADN, y los descalcificadores ácidos lo destruyen. Los cortes se hacen con cuchilla nueva para no arrastrar ADN de otro bloque. La muestra va con el informe de patología y el porcentaje de células tumorales; sin eso, un resultado negativo no se puede interpretar. Los resultados con variantes de significado incierto se informan como tales y se revisan cuando cambia la evidencia.

Límite de detección típico

1 a 5 % de frecuencia alélica según el método y la profundidad de secuenciación

Incertidumbre típica

±20 % relativo en la frecuencia alélica; sensibilidad y especificidad mayores al 95 % para las variantes del panel en los materiales de referencia

Área

Biología molecular; Clínico/bioquímico; Farmacéutico

Fecha de última actualización: 9/9/2026