Variantes en BRCA1 en tejido tumoral por secuenciación

Fundamento

El tejido llega fijado en formol e incluido en parafina, y el patólogo marca en el corte el área con más células tumorales y estima su porcentaje, porque el ADN del tumor viene mezclado con el del tejido sano que lo rodea y esa proporción fija lo que el método puede detectar. Sobre el ADN extraído de esa zona se amplifica y se secuencia la región de interés, hoy casi siempre por secuenciación masiva en un panel que cubre varios genes a la vez, y el resultado se informa como variante detectada o no detectada junto con su frecuencia alélica, es decir qué proporción de las lecturas la llevan. BRCA1 participa en la reparación del ADN por recombinación homóloga. Un tumor que lo tiene inactivado pierde una de sus vías de reparación y se vuelve dependiente de las otras, y esa dependencia es lo que explotan los inhibidores de PARP. Hay una distinción que el informe tiene que hacer explícita y que cambia todo lo que sigue: la variante puede ser somática, presente sólo en el tumor, o germinal, presente en todas las células de la persona. La segunda implica riesgo heredado para la paciente y para su familia, y obliga a asesoramiento genético y a confirmar sobre una muestra de sangre. Un estudio hecho sobre tejido tumoral no distingue por sí solo entre las dos.

Analito (qué se busca)

BRCA1

Matriz (en qué muestra)

Tejido tumoral fijado en formol e incluido en parafina; biopsias; citologías; bloques de tumor; ADN tumoral

Equipamiento necesario¿Dónde lo compro?

Microtomo y microscopio para que el patólogo marque el área tumoral; extractor de ácidos nucleicos para tejido en parafina; fluórometro; termociclador de PCR en tiempo real; secuenciador masivo de sobremesa; servidor y programa de análisis de variantes.

Proveedores de Biología molecular · Microscopía.

Reactivos¿Dónde lo compro?

Kit de extracción desde parafina; panel de secuenciación que cubra BRCA1 completo con análisis de grandes reordenamientos; controles; material de referencia certificado.

Proveedores de Patrones y materiales de referencia.

Material de laboratorio¿Dónde lo compro?

Portaobjetos; tubos libres de nucleasas; placas; celdas de flujo.

Consumibles¿Dónde lo compro?

Kits de extracción; paneles de secuenciación; celdas de flujo; controles.

Unidad

1 · variante detectada o no detectada · % de frecuencia alélica (VAF) · nomenclatura HGVS · clasificación de patogenicidad · somática o germinal

Norma que lo exige

Las guías de tratamiento oncológico del Instituto Nacional del Cáncer y las de las sociedades científicas; las obras sociales, las prepagas y el sistema de cobertura de medicamentos de alto costo, que exigen el resultado molecular para autorizar las terapias dirigidas; Ley 26.529 de derechos del paciente; los reactivos requieren registro ante la ANMAT; la Red Nacional de Laboratorios de Biología Molecular en Oncologíanorma argentina

Norma que describe la técnica

La guía conjunta de la AMP, la ASCO y el CAP para la interpretación y el informe de variantes somáticas en cáncernorma argentina

Edición y vigencia de la norma

Guía AMP/ASCO/CAP (2017), vigente; ISO 20387:2018

Volumen de muestra

Bloque de parafina o 5 a 10 cortes de 5 a 10 micrones, con el corte teñido de referencia marcado por el patólogo; al menos 50 a 100 ng de ADN

Conservación y transporte

El tejido tiene que fijarse en formol tamponado entre 6 y 48 horas: la subfijación y la sobrefijación degradan el ADN, y los descalcificadores ácidos lo destruyen. Los cortes se hacen con cuchilla nueva para no arrastrar ADN de otro bloque. La muestra va con el informe de patología y el porcentaje de células tumorales; sin eso, un resultado negativo no se puede interpretar. Los resultados con variantes de significado incierto se informan como tales y se revisan cuando cambia la evidencia.

Límite de detección típico

1 a 5 % de frecuencia alélica según el método y la profundidad de secuenciación

Área

Biología molecular; Clínico/bioquímico; Farmacéutico

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Fecha de última actualización: 1/10/2026

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